不合法。公司不应将员工工资的50%用作绩效考核。《劳动法》规定，用人单位不得克扣或无故拖欠工资，此行为可能构成克扣工资，应及时纠正，否则将面临劳动行政部门的处罚及支付经济补偿和赔偿金的风险。
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不合法。处理方式：1.与公司协商，明确表达不满，要求调整工资结构，确保基本工资不受影响；2.若协商不成，收集证据，如工资条、劳动合同等，向当地劳动行政部门投诉，请求调查处理；3.在投诉同时，可咨询专业律师，了解法律途径，准备必要的法律文件，以备不时之需。
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常见处理方式为协商或投诉。员工可先与公司协商，要求调整工资结构；若协商无果，可向劳动行政部门投诉，维护自身权益。选择方式时，应考虑效率与效果，优先尝试协商，无果后再采取法律手段。