申请调查令被拒，需先判断证据类型。依据《中华人民共和国民事诉讼法》，非因客观原因不能收集的证据，应自行收集；确需法院收集的，才可申请。否则，可能导致证据缺失，影响案件结果。
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申请调查令被拒，应这样处理：1. 判断证据是否可自行收集，若能，则立即行动，确保证据不丢失；2. 若证据确需法院收集，可准备相关材料，再次向法院提出申请，并说明理由；3. 如遇复杂情况，可咨询律师，了解更详细的法律程序和应对策略。
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申请调查令被拒，处理方式有自行收集或再次申请。若证据非因客观原因不能收集，应自行收集；若确需法院收集，可依据法律规定再次申请，或咨询律师寻求专业帮助。