公司更改合同员工不愿签，可协商解除并支付补偿。依据《劳动合同法》，合同主体变更需协商，员工不同意则解除合同并补偿，否则可能面临法律纠纷及赔偿风险。
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员工拒签新合同，应这样处理：1. 与公司协商，表达不愿续签的意愿，并争取合理补偿；2. 若协商无果，公司拒绝支付补偿或态度强硬，收集证据，如合同文本、沟通记录等；3. 向劳动仲裁机构提起仲裁，请求裁决解除合同并支付补偿；4. 如仲裁结果不满，可进一步提起诉讼，通过法律途径维护权益。
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员工不愿签更改后的合同，常见处理方式为协商解除或提起劳动仲裁。应根据具体情况选择，若公司愿意支付合理补偿，则协商解除为宜；若公司拒绝，员工可提起劳动仲裁维护权益。